丙戌日，任命王顼龄为大学士，为工部尚书。
甲辰日，皇帝回到京城。
将军额伦特、侍卫色楞在喀喇乌苏会师，多次击败敌人，但敌人不断进逼，由于没有后续部队支援，他们奋力抵抗，最终战死沙场。
十月甲寅日，朝廷决定停止本年的决囚。
丙辰日，任命皇十四子贝子胤禵为抚远大将军，前往青海视察军情。
同时命令为殉难的总督甘文焜、知府黄庭柏建立祠堂进行祭祀。
甲子日，朝廷下诏称四川巡抚年羹尧在军兴以来办事明敏，因此提升他为总督。
同时命令翰林、科道官员轮流入宫值班。
戊辰日，皇帝驻跸汤泉。
同时命令皇七子胤佑、皇十子胤蓪、皇十二子胤祹分别管理正黄、正白、正蓝满、蒙、汉三旗事务。
十一月丙子日，皇帝回到申昜春园居住。
福建巡抚陈瑸去世，朝廷追赠他为礼部尚书，并赐予谥号“清端”
。
同时任命宜兆熊为汉军都统。
十二月丙辰日，皇帝前往祭拜陵墓。
己未日，孝惠章皇后被升祔到太庙中，她的位置在孝康章皇后的左边，朝廷颁布诏书通告天下。
同时云南撒甸的苗人归顺朝廷。
己巳日，皇帝回到宫中。
这一年，朝廷免除了江南、福建、甘肃、湖广等省二十六州县卫的灾赋，并根据受灾情况给予不同的减免。
同时朝鲜、琉球、安南等国家向朝廷进贡。
康熙五十九年庚子春正月丁酉日，皇帝命令抚远大将军胤禵转移军队到穆鲁斯乌苏。
同时，任命宗室延信为平逆将军，率领军队进入西藏，并让公策旺诺尔布参与军事谋划。
此外，西安将军宗查木被命令驻守在西宁，平郡王讷尔素则驻守古木。
二月甲辰日，皇帝巡视京郊。
癸丑日，皇帝任命噶尔弼为定西将军，率领四川、云南的军队进入西藏，并册封新胡毕勒罕为六世。
辛酉日，皇帝返回并驻留在申昜春园。
三月己丑日，皇帝命令云南提督张谷贞驻防丽江、中甸。
丙申日，命令靖逆将军富宁安进军乌鲁木齐，散秩大臣阿喇衲进军吐鲁番，祁里德率领七千士兵从布娄尔出，傅尔丹率领八千士兵从布拉罕出，同时进攻准噶尔。
夏季四月戊申日，皇帝巡视热河。
五月辛巳日，因为旱灾，皇帝征求建议。
壬午日，下了雨。
六月己亥日，陕西遭遇饥荒，皇帝命令从河南运送粮食去赈灾。
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