管理所共三大主要部门。
分别为战斗部门、后勤部门、科研部门。
其余一些譬如理事会代表的行政部门、资金保障部门、关押及拷问部门等等，虽然在维系管理所运转时同样重要，但因人员稀少，所以常常不被计算其中。
而在三大部门中能与最重要的战斗部门、人员最多的后勤部门相媲美的科研部门。
它的主要功能自然也非一句话所能全部涵盖。
光是灵器方面就包括了”
研发与制作新型机械灵器”
、“改良旧时灵器”
、“古代灵器材料分析及回收利用”
等等...
例如能清晰拍摄出灵体的灵器改良摄像机，就出自科研部门之手；
从八丁目公园收缴回来的那些迷你相机，此时也被送入了科研部门当中，进行制作工艺分析、产地探查。
同时还会为战斗小队成员提供专属灵器定制服务。
每位一等战斗小队队长，都将拥有一次免费定制的机会。
如专门消灭灵体的高爆裂手枪、扰乱灵力运转的秘银手铐、大范围靠灵力驱动的杀伤性武器、甚至奇奇怪怪的叉子型激光剑...
只有你想不到，没有他们科研部门造不出来的。
除了这些应用类的，还有偏学术些的研究。
如妖怪习性研究与分析、灵体生成规律与地域因素相关的论证、天地灵力衰竭规律的具体探究等等。
在东京超凡圈，也是能发学术论文滴！
而今天负责太一“体检”
的是位早已从科研部门退休多年的白发老者。
他精神矍铄、腰板笔直，整齐白发上戴着顶高礼帽，时常修剪的两撇小白胡子，配上一丝不苟的纯色西装、乌木名贵手杖，很有嘤伦老绅士的格调。
据织雪介绍：
这位就是提出并成功研发出、东京第一款“结合机械改良灵器”
的东京灵器界泰斗级人物。
主要贡献为：成功使得旧时灵器通过机械实现现代化改良、得以降低成本并达成量产，使原本造价高昂的灵器在当今快节奏时代继续发光发热。
他也是科研部门的名誉科长。
名叫：土御门宗政。
是阴阳师家族的人。
老绅士在见到太一后的态度意外地好。
丝毫没有仗着自己资历高摆架子，反而主动向太一脱帽行礼，动动嘴唇上的两撇小胡子，腔调独特地说：
“上午好，钟神先生。”
太一亦是摘下自己的虚空帽子，有模有样回了个：
“上午好，土御门先生。”
认真模样逗得旁边织雪笑颤颤，老绅士则沉声点评：
“我想，你距离一个合格的绅士只差一点。”
“还差什么？”
太一好奇问道。
“还差一个帽子。”
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