池田屋事件后京都貌似平静了一会儿，可惜这种假象并没有持续多久，七月的时候，恼羞成怒的长州浪士卷土重来，带兵杀上京都，纵火烧城。
遮天蔽日的浓烟和火光持续了三天三夜，曾经繁华美丽的京都变为一片焦土，尸横遍野。
在一片大火之中，长州兵在真木和泉的带领下强攻禁门，却遭到了会津和萨摩藩兵的有力抵抗。
新撰组的强大战力再次显现，其队士们在战斗中矫健的身影直到很久之后都还是京都平民津津乐道的话题。
最终新撰组众人将真木一行十七人围困在天王山，迫使他们悲愤自决，给维新派的势力再一次造成了不可忽视地打击。
战斗中众位队长仍然是表现活跃，特别是一番队的冲田，其迅猛惊人的“三段突”
令其对手无不胆寒，“天剑”
之名也渐渐传开。
可是谁曾想过这个身形有些单薄的青年就在3天前还不得不躺在床上为如何逃避九番队长亲手熬的极苦的药而苦恼不已呢？
人们总是愿意崇拜和信赖英雄的，于是忽略了他尚且稚嫩的肩头是否能够承受这样的沉重的担子。
清扫战场的时候，新撰组众人站在天王山上看着脚下宛如人间地狱的京都，面色都显得十分凝重。
半晌，土方有些义愤地质问山南，“你不是一直不停地说尊王攘夷才是正道吗？看看这些混蛋都干了什么！”
山南垂下头，声音低沉却毫不相让，“方法的错误并不能否定观念的正确性。”
紧张的气氛蔓延，争吵又是一触即发。
本来一直目光深沉地看着山脚的近藤，此刻却缓缓转过身来，对着山南问道，“敬，难道‘公武合体’（注：指天皇所在的朝廷和将军所在的幕府的联合）就行不通吗？为什么非要你死我活呢？”
声音仿佛疑问，又仿佛恳求。
山南却只是固执地偏过头去，没有答话。
九月的时候，近藤带着永仓等人作为护卫队东归江户，回来的时候身边却多带了一个人。
此人正是伊东道场的馆主，伊东大藏，即是现在的伊东甲子太郎。
临去江户的时候，藤堂曾找到浅川，直言了要邀请伊东加入新撰组的意愿。
因为他认为现在的新撰组正在危险的道路上越走越远，要让头脑清醒有远见卓识的伊东先生将其拉回尊王攘夷的正确思想道路上来。
浅川迟疑了一下，本不欲让伊东来趟这趟浑水，但是想到如今新撰组的格局，如果伊东加入相信会在制衡上起到一定作用。
于是便和藤堂一起向近藤提出了这个建议。
近藤听说文武双全的伊东要加入，也显得十分高兴，当即决定了一到江户便要亲自登门拜访。
这样一来，伊东就正式作为参谋加入了新撰组。
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